Секта манихеев была около 300 г. н. э. изгнана из Персии и нашла прибежище отчасти в Египте, отчасти в Восточном Туркестане. 
В восточном Туркестане найдены манихейские рукописи на среднеиранских и восточнотюркских языках, выполненные различными алфавитами манихейского происхождения. Один из них и называется собственно манихейским письмом. Оно обнаружено также на магических глиняных чашах из Ниппура в Вавилонии, что проливает свет на происхождение этого письма. 
М. Лидзбарский показал, что манихейское письмо восходит к арамейскому курсивному письму, родственному декоративному [BLOCK:palmyrene пальмирскому]. Другими производными [BLOCK:imperial-aramaic арамейского письма] в Центральной Азии были многочисленными потомки [BLOCK:syriac сирийского алфавита]. 
Письмо полностью обозначает гласные: ' - a/ умл. a, j - i, w - u, wj - умлаутированные o/u.